RZGW w Krakowie wraz z inspektorami WIOŚ w Krakowie dokonywali wielokrotnie wizji terenowych na różnych odcinkach rzeki Wilgi oraz jej dopływów, w tym również przeprowadzili kontrolę oczyszczalni ścieków w Lusinie. WIOŚ zlecał CLB GIOŚ pobór próbek wody z różnych miejsc na rzece Wildze: z okolicy wylotów kanalizacji deszczowej, z rejonu wylotu ścieków z oczyszczalni. RZGW w Krakowie jest w trakcie inwentaryzacji wylotów w zlewni rzeki Wilgi. Trwa weryfikacja ich legalności. RZGW w Krakowie niezwłocznie zwróciło się do administratorów wylotów burzowych i kanalizacji opadowych w rejonie zaistniałych śnieć ryb, o identyfikację źródeł ewentualnego zagrożenia i jego wyeliminowania, jeżeli by takie zaistniało. Jednocześnie jednostki terenowe Wód Polskich przeprowadzają ogląd koryta rzeki w kierunku identyfikacji nielegalnych wylotów.
Po wstępnej analizie zgromadzonych materiałów i dokumentów, w tym wyników badań próbek wody pobranych na zlecenie WIOŚ w Krakowie przez CLB GIOŚ w miejscu zdarzenia oraz powyżej i poniżej wskazanego przekroju nie można jednoznacznie wskazać jednej przyczyny śnięcia ryb w Wildze. Nie stwierdzono obecności Prymnesium cf parvum czyli tzw .: „złotych alg”. Identyfikacja spektrometrem w podczerwieni nie wykazała obecności substancji niebezpiecznych. Wyniki badań wskazują na nałożenie się kilku niekorzystnych zjawisk, które w efekcie stały się przyczyną incydentu.
Warunki pogodowe tj.: długotrwały okres bezdeszczowy spowodował nagromadzenie się w wylotach kanałów burzowych rozkładających się resztek organicznych i substancji roślinnych, skutkujący postępującym procesem gnilnym, a gwałtowne opady deszczu o charakterze burzowo – nawalnym wywołały oprócz uruchomienia się przelewów burzowych, wypłukanie tych resztek z końcowego odcinka kanału i łączny zrzut wód opadowych oraz ścieków do rzeki. Liczne wyloty kanałów wód opadowych na obu brzegach rzeki w górę jej biegu na kilkukilometrowym odcinku odprowadzają ścieki do kanalizacji opadowej zawierające duże ładunki związków azotu i fosforu, co przy sprzyjającej pogodzie tj. wyższej temperaturze w okresie letnim skutkują zakwitami glonów (co zostało, udokumentowane podczas wizji terenowej w terenie obejmującym obszar śnięcia ryb). Rozrost glonów w korycie rzeki powoduje zmniejszenie zawartości tlenu rozpuszczonego. Udostępnione przez WIOŚ w Krakowie wyniki badań próbek pobranych we wskazanym przekroju wskazują na podwyższone ładunki chlorków, związków azotu i fosforu w stosunku do wartości o których mowa w Rozporządzeniu Ministra Infrastruktury z dnia 25 czerwca 2021 r. w sprawie klasyfikacji stanu ekologicznego, potencjału ekologicznego i stanu chemicznego oraz sposobu klasyfikacji stanu jednolitych części wód powierzchniowych, a także środowiskowych norm jakości dla substancji priorytetowych oraz obniżone zawartości tlenu rozpuszczonego.